Ganed Ellis Wynne yn Y Lasynys (neu’r Lasynys Fawr), ffermdy sylweddol rhwng Talsarnau a Harlech, yn yr hen Sir Feirionnydd, yn fab i Edward Wynne o blasdy Glyn Cywarch (heb fod ymhell o’r Lasynys). Roedd yn deulu o fân uchelwyr gyda chysylltiad â theulu Brogyntyn, ger Croesoswallt. Trwy ei daid Elis Wyn roedd Ellis Wynne yn perthyn i John Jones, Maesygarnedd, un o’r rhai a lofnododd warant dienyddio’r brenin Siarl I o Loegr.

Yn wahanol i John Jones o Faesygarnedd, yr oedd Ellis Wynne yn frenhinwr pybyr. Mae manylion ei yrfa yn ansicr, ond ymddengys iddo dreulio cyfnod yn Ysgol Ramadeg Amwythig. Mae cerdd Ladin gan Wynne yn awgrymu cysylltiad ag Ysgol Ramadeg Biwmares yn ogystal. Aeth i Rydychen lle graddiodd ar y 1af o Fawrth 1692, yn 21 oed. Mae’n bosibl ei fod wedi cwrdd â’r athrylith amlddawn Edward Lhuyd tra oedd yno. Ym Medi 1698 priododd â’i wraig gyntaf, Lowri Wynne o Foel-y-glo, Meirionnydd.

Cafodd ei ordeinio’n offeiriad a diacon yn Eglwys Loegr yn Eglwys Gadeiriol Bangor yn Rhagfyr 1704. Daeth yn reithor plwyfi Llanbedr a Llandanwg yn 1705 ac wedyn cafodd ofalaeth Llanfair, ger Harlech, yn 1710. Yn 1711 priododd â’i ail wraig, Lowri Lloyd o Hafod Lwyfog (ger Aberglaslyn) a symudodd i’r Lasynys eto lle bu fyw am weddill ei oes. Fe'i claddwyd yn eglwys Llanfair.